W miarę trwania zakażenia obniża się liczba limfocytów (jest to wykładnik mówiący o etapie choroby), prowadząc stopniowo do głębokiego upośledzenia odporności. Oznacza to, że coraz częściej rozwijają się u pacjenta różne infekcje i choroby nawet takie, które powodowane są przez niegroźne dla zdrowych osób patogeny. Dzieje się tak, gdyż organizm nie jest w stanie skutecznie walczyć z zarazkami. W chorobie AIDS przebieg zakażeń jest cięższy i groźniejszy niż u osób zdrowych. Również czas chorowania wydłuża się, a powrót do stanu sprzed infekcji, jeśli możliwy, trwa o wiele dłużej.

Często obserwuje się zakażenia, zwane rewelatorowi AIDS, tzn. tak rzadkie w całej populacji, że jeśli zdarzy się już takie zachorowanie, należy brać pod uwagę AIDS jako przyczynę, która doprowadziła do rozwinięcia się tej choroby. Są nimi: zakażenie grzybicze (tzw. kandydoza) przełyku, atypowe zapalenie płuc wywołane przez Pneumocystis carinii, toksoplazmoza ośrodkowego układu nerwowego, bolesne biegunki jako wynik zakażenia przewodu pokarmowego pierwotniakami: mikrosporidia i kryptosporidia, zakażenia bakteriami podobnymi do gruźlicy (tzw. prątki atypowe), uogólnione zakażenia salmonellą, zakażenie wirusem opryszczki o nietypowej lokalizacji jak jama ustno-gardłowa, czy odbytnica, ciężkie zakażenia cytomegalowirusem.

W AIDS występują także rzadkie nowotwory jak tzw. mięsak Kapossiego (jest to złośliwy nowotwór naczyń, przybierający postać czerwonych i niebieskawo przeświecających guzków na błonach śluzowych oraz tułowiu), chłoniaki ośrodkowego układu nerwowego (nowotwory wywodzące się z komórek układu odpornościowego i lokalizujące w układzie nerwowym).

Leczenie HIV i AIDS polega na podawaniu wielu leków jednocześnie. Mają one na celu: ograniczenie replikacji (powielania) wirusa w organizmie, spadek poziomu krążących kopii wirusa w krwi do granic nieoznaczalnych, opóźnienie rozwoju AIDS lub jej złagodzenie oraz zapobieganie i zwalczanie zakażeń, związanych ze spadkiem odporności.