Przyczyny dysfagii przełykowej wynikają z nieprawidłowości fazy przełykowej aktu połykania. Jej podstawą mogą być zaburzenia czynności (motoryki) mięśni tworzących przełyk, jak również zaburzenia organiczne samego przełyku oraz struktur go otaczających.

Jedną z najczęstszych i najpoważniejszych przyczyn dysfagii przełykowej jest rak przełyku. Innymi przyczynami zaburzeń połykania w tym odcinku przewodu pokarmowego są:

• zwężenia przełyku w wyniku uchyłków, choroby refluksowej przełyku, oparzeń termicznych i chemicznych oraz po radioterapii nowotworów w tej okolicy;
• ciała obce;
• tzw. pierścienie Schatzkiego (koncentryczne przewężenia w dolnej części przełyku);
• achalazja przełyku (upośledzenie zdolności dolnego zwieracza przełyku do rozkurczu);
• rozlany kurcz przełyku;
• cukrzyca (w wyniku neuropatii cukrzycowej);
• choroby tkanki łącznej (np. twardzina);
• wole zamostkowe;
• wada zastawki mitralnej serca;
• rak oskrzela lub guzy śródpiersia (w wyniku ucisku lub naciekania na przełyk);
• przepukliny około przełykowe;
• przebyte zabiegi kardiochirurgiczne i torakochirurgiczne.