O nietolerancji pokarmowej mówimy, gdy organizm nie może prawidłowo strawić lub wchłonąć danego składnika pokarmu. Jest wynikiem nieprawidłowych reakcji enzymatycznych, metabolicznych lub farmakologicznych, nie dochodzi tutaj, tak jak w przypadku alergii pokarmowej, do uruchomienia układu odpornościowego.

Przyczyną nietolerancji pokarmowej mogą także być środki konserwujące, barwiące i inne sztuczne dodatki zawarte w pożywieniu. Zdarza się, że nietolerancja danego pokarmu ma podłoże psychogenne. Objawy kliniczne nietolerancji i alergii pokarmowej są bardzo podobne. Najczęstsze nietolerancje pokarmowe dotyczą laktozy i glutenu.

Nietolerancja laktozy jest skutkiem niedoboru enzymu (laktazy), który rozkłada cukier zawarty w mleku – laktozę. W prawidłowych warunkach węglowodany są trawione przez takie enzymy jak laktaza, sacharaza i izomaltaza. W sytuacji obniżonej aktywności tych enzymów lub ich braku dochodzi do zaburzeń trawienia i wchłaniania węglowodanów. Najczęściej przyczyną takiego stanu są zespoły poinfekcyjne, poantybiotykowe i poresekcyjne. Wrodzone niedobory wyżej wymienionych enzymów występują znacznie rzadziej.

Nierozłożone dwucukry (np. laktoza) przechodzą do jelita grubego i tam pod wpływem bakterii jelitowych ulegają fermentacji prowadząc do biegunki. Pozostałe objawy nietolerancji węglowodanów to wymioty, wzdęcia i bóle brzucha.