Leczenie operacyjne podejmowane jest w przypadku stwierdzenia dodatkowych nieprawidłowości takich jak: ektopia drugiego jądra czy towarzysząca przepuklina pachwinowa oraz w sytuacji gdy zawiedzie terapia hormonalna. Głównym zadaniem podczas zabiegu operacyjnego jest znalezienie jądra oraz jeśli to możliwe sprowadzenie go i umocowanie do moszny. Zabieg taki nazywa się orchidopeksją.

Leczenie wnętrostwa jest bardzo ważne z kilu przyczyn. W niezstąpionych jądrach istnieje dużo większe, nawet 35 krotne wyższe ryzyko rozwoju nowotworów złośliwych, a w szczególności nasieniaka (seminoma) oraz raka zarodkowego (carcinoma embryonale). Niestety wydaje się, że nawet wczesne sprowadzenie jąder do moszny, nie zmniejsza ryzyka rozwoju nowotworu, natomiast umożliwia jego wcześniejsze wykrycie dzięki lepszej dostępności do badania. Ponadto blisko 70% nieleczonych mężczyzn z jednostronnym wnętrostwem oraz prawie 100% z obustronnym niezstąpieniem jąder jest zagrożonych niepłodnością. W przypadku podjęcia leczenia przed 2 rokiem życia odsetek ten wynosi około 12% i rośnie do ponad 80%, jeżeli leczenie zostało zastosowane w okresie pokwitania. Istotne znaczenie w podjęciu decyzji o leczeniu operacyjnym ma także wygląd worka mosznowego. Jego asymetria wynikająca braku jednego lub obydwu jąder, może wpędzać mężczyznę w kompleksy i być przyczyną zaburzeń psychologicznych.

Podjęcie wczesnego leczenia ma zasadnicze znaczenie dla dalszego rokowania i prawidłowego rozwoju jąder. Ważne jest, aby rodzice, którzy stwierdzą brak jąder u chłopca powyżej 2 roku życia nie zwlekali z wizytą u lekarza w nadziei, że w trakcie rozwoju dziecka jądra zstąpią do moszny.